Neue Entwicklungen drangen nur stark reduziert oder überhaupt nicht in die weiträumigen Gebiete außerhalb größerer Städte durch. Die neue kulturelle Blüte blieb im Wesentlichen auf höfische Bereiche beschränkt. Eine Ausnahme bildet die niederdeutsche Bibelübersetzung des pommerschen Reformators und Lutherfreundes Johannes Bugenhagen (1485 -1558 in Wittenberg), die 1533 noch vor der ersten hochdeutschen Vollbibel in Lübeck gedruckt wurde und auch in Mecklenburg Verbreitung fand. Insgesamt gesehen aber war das Bürgertum zu schwach und zu wenig differenziert, um einen Vergleich mit anderen deutschen Städten auszuhalten. Weder in der Architektur und bildenden Kunst, noch in der Musik kam man über Einzelbeispiele hinaus.

Die neue mecklenburgische Landeskirche baute maßgeblich der Rostocker Theologieprofessor und Historiker David Chyträus auf. Mit der Errichtung des landesherrlichen Kirchenregiments im reformatorischen Mecklenburg wandte sich der Fürst auch der Umgestaltung des Bildungswesens zu. Herzog Johann Albrecht I. berief den Humanisten Andreas Mylius an den Hof, der nach dem Vorbild der fürstlichen Landesschule Meißen 1553 eine Schule in Schwerin einrichtete, an der adlige und bürgerliche Kinder freien Unterricht erhielten. Diese Fürstenschule wurde später aus Kostengründen mit der alten Domschule zusammengelegt und als reformierte Lateinschule wiederbelebt.

Nach Wittenberger Vorbild erfolgte die Neuordnung der Universität Rostock. In der Philosophischen Fakultät wurde nach Melanchthons Lehrbüchern das Studium der alten Sprachen gelehrt. Ihren Ruf als eine der bedeutendsten protestantischen Hochschulen verdankte die Universität Rostock der Theologie. Besonders Johann Tarnow, der 1614 als Professor berufen wurde, war als Bibelexeget sehr geachtet.

Eine Folge der Reformation war die 1552 von Herzog Johann Albrecht in Kraft gesetzte Kirchenordnung, in der auch das Schulwesen eine rechtliche Grundlage erhielt. Somit blieb die Schule in enger Verbindung mit der Kirche. Die Aufsicht über die Schulverwaltung führte der Superintendent, die über die Einzelschule der Pastor gemeinsam mit Gliedern des Rates. Mit der Herausbildung einer durchtragenden innerlich starken Landesidentität und eines kräftigen Selbstverständnisses waren die mecklenburgischen Schulen freilich überfordert und konnten bestenfalls keimhafte Anfänge legen.

Die „Schulgesellen", die Lehrer, waren oft nur mangelhaft gebildet und materiell ungenügend ausgestattet. Die meisten Kinder gingen überhaupt nicht in die Schule, da sie in der elterlichen Wirtschaft völlig ausgelastet waren. Hinsichtlich der Schulen auf dem Lande heißt es in der Revidierten Kirchenordnung von 1602: „Auf den Dörfern soll der Pastor oder Küster samt ihren Frauen auch Schule halten und etliche Knaben und Mägdlein in Katechismus, im Gebet, im Lesen, Schreiben und Nähen unterweisen, damit die jungen Leute daselbst nicht aufwachsen wie das unvernünftige Vieh."

Mit Besorgnis stellte man schon zu dieser Zeit fest, wie viele „heidnische" Bräuche es noch in Mecklenburg gäbe. Die Kolonisatoren hatten auch germanisch-heidnisches Gedankengut mitgebracht, das sich lange lebendig erhielt.